کمیسیون ملی یونسکو که وزیر علوم، تحقیقات و فناوری به‌عنوان رئیس آن می‌باشند، طبق اساسنامه دارای سه رکن است:
۱- شورای عالی
۲- شورای اجرایی
۳- دبیرخانه دائمی
شورای‌عالی:
مهم‌ترین مرجع تصمیم‌گیری کمیسیون ملی یونسکو در ایران است که وظیفه اصلی آن تبیین سیاست‌ها و تصویب برنامه‌های کلی کمیسیون ملی در قالب برنامه‌ها و فعالیت‌های عمومی یونسکو، اظهار نظر در مورد تأمین بودجه، تأیید اعضای هیئت‌های اعزامی به کنفرانس عمومی و ارائه نظر درباره توسعه فعالیت‌های کمیسیون ملی و نهادهای ذی‌ربط است. ریاست شورای عالی با وزیر علوم، تحقیقات و فناوری می‌باشد.
♦ اعضای شورای عالی:
۱- وزیر علوم، تحقیقات و فناوری
۲- وزیر امور خارجه
۳- وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی
۴- وزیر آموزش و پرورش
۵- دبیرکل کمیسیون ملی یونسکو- ایران
۶- مشاور رئیس جمهور و رئیس سازمان حفاظت محیط زیست
۷- رئیس سازمان صدا و سیمای جمهوری اسلامی ایران
۸- هفت تن از شخصیت‌های علمی و فرهنگی کشور(اشخاص حقیقی)
شورای اجرایی:
ارگان نظارتی بر اجرای برنامه‌های تصویب‌شده توسط شورای عالی است که مهم‌ترین وظایف آن عبارت است از: پیشنهاد برنامه و بودجه کمیسیون به شورای عالی، طرح و پیگیری پیشنهادهای جمهوری اسلامی ایران در کنفرانس عمومی و سایر مجامع یونسکو، پیگیری نظرها و پیشنهادهای دولت در مورد اجرای تصمیمات و توصیه‌های یونسکو در کشور، و همچنین ارائه پیشنهادهای لازم به دولت در خصوص چگونگی مشارکت در برنامه‌ریزی، اجرا و ارزیابی برنامه‌ها و فعالیت‌های یونسکو در کشور. شورای اجرایی متشکل است از:
♦ اعضای شورای اجرایی:
۱-رئیس کمیسیون ملی یونسکو (وزیر علوم، تحقیقات و فناوری)
۲- دبیرکل کمیسیون ملی یونسکو- ایران
۳- معاون فرهنگی وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی
۴- نماینده تام‌الاختیار وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی
۵- نماینده تام‌الاختیار وزیر آموزش و پرورش
۶- نماینده تام‌الاختیار سازمان صدا و سیما
۷- مدیرکل امور بین‌المللی محیط زیست و توسعه پایدار وزارت امور خارجه
۸- نماینده تام‌الاختیار وزیر میراث فرهنگی، صنایع‌دستی و گردشگری
۹- نماینده تام‌الاختیار سازمان محیط زیست
۱۰- یک نفر از اعضای حقیقی شورای عالی کمیسیون ملی یونسکو- ایران
دبیرخانه:
دبیرخانه کمیسیون ملی یونسکو، نهاد مسئول اجرای برنامه های یونسکو در کشور و مجری مصوبات شورای عالی با هماهنگی شورای اجرایی است. ساختار دبیرخانه کمیسیون ملی مانند ساختار دبیرخانه یونسکو مرکزی در پاریس است که دارای بخش‌های برنامه‌ای، پشتیبانی و خدماتی می‌باشد. دبیرخانه کمیسیون ملی یونسکو – ایران که از نظر سازمانی وابسته به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری است، زیر نظر دبیرکل اداره می‌شود. دبیرکل از میان شخصیت‌های علمی و فرهنگی کشور به پیشنهاد وزیر علوم، تحقیقات و فناوری و تأیید هیئت دولت منصوب می‌شود.
وظایف دبیرخانه:
– تهیه طرح برنامه و بودجه سالانه کمیسیون با مشورت شورای اجرایی
– ارتباط با سایر کمیسیون‌های ملی به ویژه کشورهای منطقه به منظور همکاری در اجرای برنامه‌ها و مطالعات مشترک مربوط به فعالیت‌های یونسکو
– برقراری ارتباط با وزارتخانه‌ها، مؤسسات و سایر ارگان‌های دولتی و نیز سازمان‌های غیر دولتی و نهادهای مردمی
– نظارت بر اجرای برنامه‌های یونسکو در کشور و پیگیری آنها
– انجام مطالعات و تهیه طرح‌های متناسب با نیازهای کشور در حوزه‌های آموزش، علوم، فرهنگ و ارتباطات با همکاری کمیتههای ملی تخصصی
– تهیه و ترجمه و انتشار کتب و نشریات ادواری یونسکو و دیگر مؤسسات علمی، فرهنگی و تربیتی
– برقراری ارتباط منظم با نمایندگی دائمی جمهوری اسلامی ایران در یونسکو
– تدوین گزارش سالانه فعالیت‌های کمیسیون ملی یونسکو- ایران
دبیرخانه دارای سه بخش است:
بخش‌های تخصصی:
این بخش‌ها که مطابق با پنج زمینه اصلی فعالیت یونسکو تشکیل شده عبارت است از: گروه آموزش، گروه علوم طبیعی، گروه علوم اجتماعی و انسانی، گروه فرهنگ و گروه ارتباطات و اطلاعات. بخش‌های برنامه‌ای برای پیشبرد فعالیت‌های یونسکو در کشور دارای کمیتههای ملی تخصصی‌اند که اعضای آنها مرکب از نخبگان کشور در حوزه‌های مختلف تخصصی است.
- هر یک از گروه‌ها یا اداره های تخصصی کمیسیون، دارای کمیتههای تخصصی متشکل از نمایندگان مؤسسات و سازمان‌های دولتی ذی‌ربط و متخصصان دانشگاهی و صاحب‌نظران می‌باشد. ارتباط این کمیته‌ها با یونسکو و مؤسسات تابعه آن از طریق دبیرخانه کمیسیون ملی انجام می‌شود.
- اعضای کمیتههای تخصصی با پیشنهاد دبیرکل و حکم وزیر علوم، تحقیقات و فناوری برای مدت دو سال منصوب می‌شوند.
- رئیس هر گروه یا اداره تخصصی کمیسیون به‌عنوان دبیر و نماینده کمیسیون ملی با داشتن حق رأی در کمیتههای تخصصی ذی‌ربط شرکت می نماید.
- هریک از کمیتههای تخصصی شرح وظایف خود را تدوین و برای تصویب به شورای اجرایی کمیسیون پیشنهاد می نماید.
بخش پشتیبانی:
شامل امور مالی و اداری، واحد فناوری اطلاعات و تدارکات است.
بخش خدماتی:
این بخش در بردارنده کتابخانه و مرکز اسناد، انتشارات و روابط عمومی است.