کنفرانس عمومی
کنفرانس عمومی متشکل از نمایندگان کشورهای عضو یونسکو است. کنفرانس، هر دو سال یکبار برگزار می شود و کشورهای عضو و اعضای وابسته به همراه ناظران کشورهای غیر عضو، سازمان های میان دولتی و سازمان های مردم نهاد (سمن ها) در آن شرکت می کنند. هر کشور، صرف نظر از وسعت یا میزان سهمش از بودجه، یک رأی دارد.
کنفرانس عمومی، خطمشیها و خطوط اصلی کار سازمان را تعیین می کند. وظیفه آن تنظیم برنامه ها و بودجه یونسکو است. همچنین اعضای شورای اجرایی را انتخاب کرده و هر چهار سال یکبار، دبیرکل را منصوب می کند. زبان های کاربردی کنفرانس عمومی؛ عربی، چینی، انگلیسی، فرانسوی، روسی و اسپانیایی است.
شورای اجرایی
شورای اجرایی، تضمین کننده مدیریت کلی یونسکو است. این شورا شرح وظایف کنفرانس عمومی را تهیه کرده و بر صحت و درستی اتخاذ تصمیمات آن نظارت می کند. وظایف و مسئولیت های شورای اجرایی، اساساً از اساسنامه، قوانین یا بخشنامه های مقرر و مصوب کنفرانس عمومی برگرفته شده است.
هر دو سال، کنفرانس عمومی، وظایف تصریحی را به شورای اجرایی محول می کند. سایر وظایف و کارکردها برگرفته از توافق نامه های منعقد شده بین یونسکو و سازمان ملل، آژانس های تخصصی سازمان ملل و سایر سازمان های بین دولتی است.
پنجاه و هشت عضو شورای اجرایی توسط کنفرانس عمومی انتخاب می شوند. انتخاب این نمایندگان عمدتاً به تنوع فرهنگ هایی که بازنمایی می کنند و همچنین منشأ جغرافیایی آنها بستگی دارد. قبل از نیل به توازن در میان مناطق مختلف ممکن است مذاکرات ماهرانه ای لازم باشد، به نحوی که این مناطق منعکس کننده جهان شمولی سازمان باشند. شورای اجرایی سالی دو بار تشکیل جلسه می دهد.
دبیرخانه
دبیرخانه، شاخه و بخش اجرایی سازمان است. این بخش متشکل از دبیرکل و کارمندانی است که توسط دبیرکل منصوب شده اند. کارمندان به دو دسته خدمات حرفه ای و عمومی تقسیم می شوند. در حدود ۷۰۰ نفر از کارمندان در ۵۳ دفتر منطقه ای یونسکو در سراسر جهان به کار مشغولند.
بخش‌های برنامه‌ای
این بخش‌ها مطابق با پنج زمینه اصلی فعالیت سازمان یعنی آموزش، علوم طبیعی، علوم اجتماعی و انسانی، فرهنگ و ارتباطات و اطلاعات شکل گرفته است که برای پیشبرد و اجرای طرح‌ها و برنامه‌های یونسکو در حوزه‌های خاص موضوعی با همکاری کمیسیون‌های ملی و دفاتر منطقه‌ای و خوشه‌ای هماهنگی‌های لازم را به عمل می‌آورند.
بخش‌های پشتیبانی
این حوزه شامل بخش‌های همکاری و روابط خارجی و بخش اداری است که زمینه‌های لازم را برای اجرای فعالیت بخش‌های برنامه‌ای فراهم می‌سازد.
بخش‌های خدماتی
این بخش‌ها که واحدهای متعددی را در بر می‌گیرد، شامل دبیرخانه‌های کنفرانس عمومی و شورای اجرایی، دفتر معیارهای بین‌المللی و امور حقوقی، دفتر اخلاق، دفتر برنامه‌ریزی راهبردی و … می‌باشد.
کمیسیون‌های ملی
طبق ماده ۷ اساسنامه یونسکو، کشورهای عضو به منظور مشارکت نهادهای علمی، آموزشی و فرهنگی خود در برنامه‌ها و فعالیت‌های یونسکو، می‌توانند برای تشکیل کمیسیون‌های ملی اقدام کنند. کمیسیون‌های ملی، نهادهای رابط کشورها با یونسکو در اجرای طرح‌ها و برنامه‌های تصویب شده و پیشبرد اهداف و تعهدات بین‌المللی در خصوص اجرای توصیه‌نامه‌ها و کنوانسیون‌ها هستند. در حال حاضر ۱۹۵ کمیسیون ملی در کشورهای عضو یونسکو در مناطق مختلف جهان فعالیت می کنند.