برنامههای کمیسیون ملی در خصوص حقوق بشر بر اساس چهار هدف اصلی زیر متمرکز شده است:
ارتقای حساسیت عمومی نسبت به موضوعهای مربوط به حقوق بشر در جامعه، تسهیل فعالیتهای مربوط به حقوق بشر در کشور، تقویت همکاری عاملان و شبکههای اجتماعی حقوق بشر در کشور و تولید و انتشار اطلاعات در زمینه حقوق بشر.
موارد زیر از جمله فعالیتهای کمیسیون ملی یونسکو در زمینه حقوق بشر در کشوراست:
اعلام جوایز یونسکو برای آموزش حقوق بشر و ترویج بردباری و عدم خشونت در کشور و معرفی نامزدهای ایرانی برای دریافت جوایز به یونسکو، مشارکت در برگزاری چهارمین کنفرانس بینالمللی حقوق بشر با عنوان: حقوق بشر و دین (دانشگاه مفید قم، ۱۳۸۶)، مشارکت در برگزاری کارگاههای آموزشی حقوق بشر، حقوق شهروندی و حقوق مدنی (تهران، ۱۳۸۲، ۱۳۸۳ و ۱۳۸۴) و کنفرانس بینالمللی امنیت انسانی در غرب آسیا (بیرجند، ۱۳۸۷)، برگزاری نشست تخصصی حقوق بشر و محیط زیست در کرسی حقوق بشر، صلح و دموکراسی یونسکو (دانشگاه شهید بهشتی، اردیبهشت ۸۸)، برگزاری همایش حقوق شهروندی گذشته، حال و آینده در کرسی حقوق بشر، صلح و دموکراسی یونسکو (دانشگاه شهید بهشتی، اسفند ۸۹).